ニンジャ抗争で妻子を殺されたサラリマン、フジキド・ケンジ。
彼自身も死の淵にあったそのとき、謎のニンジャソウルが憑依。
一命をとりとめたフジキドは「ニンジャスレイヤー」
−−−ニンジャを殺す者となり、復讐の戦いに身を投じる。
近未来都市ネオサイタマを舞台に、ニンジャスレイヤーvsニンジャの死闘が始まった。
マッポーの世に救いは無いのか?
走れ、ニンジャスレイヤー、走れ!
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